Finalmente: um gene para chamar de seu! Batismos no genoma do mexilhão dourado!

Olá pessoal!!

Chegou o grande dia!! Vamos nomear os genes do genoma nuclear do mexilhão dourado!! Essas são as nossas recompensas da campanha do catarse www.catarse.me/genoma

A montagem do genoma do mexilhão dourado está pronta! Isso significa que nesse momento já conhecemos a sequência de 1,6 bilhão de letras A,C,T e G que codificam todos os genes que dão origem às linhagens celulares, tecidos e órgãos da espécie! Com isso, já podemos iniciar os estudos de engenharia genética; na tentativa de atingir alguns alvos moleculares específicos para conter a reprodução da espécie em áreas de invasão! A ideia é a mesma desenvolvida para o mosquito da dengue transgênico. Antes de qualquer tecnologia ser utilizada no ambiente, no entanto, extensivos testes em laboratório serão realizados para garantir a segurança da tecnologia. Esse trabalho leva meses e anos para acontecer, mas você vai ouvir sobre todas as etapas que estiverem acontecendo: vamos manter você informado!

A finalização da primeira etapa desse projeto – o sequenciamento completo do genoma do mexilhão dourado L. fortunei – é uma grande vitória que precisa ser comemorada: e vocês, crowd do Catarse, fazem parte disso!! MUITO OBRIGADA!

Eu, Marcela Uliano da Silva, fui a bioinformata responsável por organizar os pequenos fragmentos de DNA até a ordem correta correspondente ao genoma do mexilhão dourado. Já escrevi um pouco sobre como isso é feito aqui. Esse trabalho, que foi feito sob orientação do Prof. Dr. Mauro Rebelo e co-orientação do Prof. Francisco Prosdocimi, foi objeto da minha tese de doutorado, defendida no dia 22 de fevereiro de 2017! E por isso também preciso agradecer ao patrocínio de todos vocês: não só estamos trabalhando para livrar a Amazônia da ameaça do mexilhão dourado, mas também esse trabalho me garantiu o título de doutora! GRATIDÃO! MUITO OBRIGADA MAIS UMA VEZ!

Nesse momento, estou terminando de escrever o manuscrito científico - contendo a sequência do genoma nuclear do mexilhão dourado - que vai ser liberado para a comunidade científica internacional, e é nesse manuscrito que desejo agradecer a vocês, colocando os batismos dos genes que vocês escolherem! 



Nessa primeira foto vocês podem ver o Prof. Chico Prosdocimi, eu e o Prof. Mauro Rebelo em 2013, quando defendi meu mestrado e, quando decidimos sequenciar e montar o genoma completo do mexilhão dourado! - Foto no Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, UFRJ.

4 anos depois.... Olha a gente de novo!! =) Deva vez na defesa do doutorado! 

O genoma do mexilhão dourado está pronto! E agora iremos batizar as proteínas 

com os nomes que vocês, colaboradores do nosso projeto no Catarse, 

escolherem para elas!! - Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, UFRJ. 

O esquema é o seguinte: TODOS OS COLABORADORES LISTADOS ABAIXO DEVEM ENVIAR OS SEUS BATISMOS PARA O E-MAIL: marcela.uliano@gmail.com

Você pode escolher qualquer nome! Se tiver dúvida, dá uma olha aqui e veja o nome que algumas pessoas já escolheram para batizar os genes no genoma mitocondrial do mexilhão dourado!

Os doadores que tiverem direito a uma ou mais ilustrações irão receber um e-mail meu com a ilustração personalizada! Mas todos os batismos estarão registrados nos agradecimentos do manuscrito científico, e cada um de vocês vai receber uma cópia desse manuscrito assim que ele estiver publicado!

Muito obrigada mais uma vez! E logo estaremos nos falando de novo! Você está fazendo a ciência brasileira caminhar: SINTA-SE ORGULHOSO!

Atenção, abaixo está a lista de todos os nossos colaboradores não-anônimos, e a recompensa à qual cada um tem direito! Vamos batizar os genes e proteínas até terça que vem, dia 28 de março?? Espero o e-mail de vocês!!!

1-) BATIZAR UMA PROTEÍNA:

- Rafael Tuma Guariento

- Karina Silveira

- Daniel Andrade Moreira

- FFeitosa

- Camila Mauro Borges

- Julia Back Comandolli

- Ingrid Etges Zandomeneco

- Lucas Rech de Oliveira

- Juliana Klein Zucco

- Vinicius Fernandes dos Santos

- Uilian Americo

- Helder da Rocha

- Heitor Dias Murbach

- Rodrigo Ligabue Braun

- Juliana Casagrande Fernandes

- Maysa Ito

- Caio Wagner Pereira Ferreira

- Cássio Batista Marcon

- Marcelo Pinheiro

- Jessica de Aguiar França

- Daniele Botaro

- William Jefferson Fontana da Costa

- Guilherme Machado Nunes

- Samuel Wanberg Lourenço Nery

- Rafael Oliveira Lopes

- Débora Andrade de Lima

- Renata Minerbo

- Vinicius Bassaneze

- Terravixta Studio

- Juliano Bortolozzo Solanho

- Mariano Rodrigues Aloi

- Guilherme de Andrade Palma

- Aurélio Carlos Marques de Moura

- Danilo Neves da Silva

- Vinícius de Medeiros Alves

- Marco Aurélio Ramos Möller

- Igor Drumond

- Eduardo Kawamoto Amaraes

- Pedro Hutsch Balboni

- Marcelo Vargas dos Santos

- Rodrigo Zanatta

- Júlia Andressa Kist

- Caroline Antonelli Santesso

- Andrea Raymundo Balle

- Julia Freitas

- Rafael Chaves

- Ricardo de Souza dos Reis

- Bruno Bottino Ferreira

- Sabrina Alves

- Adriana de Lima Barbosa

- Tiago Fassoni Alves dos Alencar Leite

- Marianne Kreusch

- Rafael dos Santos

- Lucas Junior Teodoro

- Patricia Dupre Moreira Ferraz

- Ana Carolina Pizzochero da Costa

- Jaqueline Dupre Moreira Ferraz

- Ayla Sant'Ana da Silva

- Felipe Caruso

- Larissa Mattos Feijó

- Cássia Rodrigues da Silveira

- Juliano de Miranda

- Leticia Aparecida Z Costa

- Davi Perin Adorna

- André Gomes Julião

- Luiz Sauerbronn

- Iensen Nícolas

- Gustavo Gottschald de Freitas

- João Gabriel Doria

- Guilherme Lopasso Tosi

- Cecilia Fonseca Poggian

- Aline Marcele Ghilardi

- Mayra Silva Soares

- Tatiana Alves Americo

- Tulio Baars Meira

- Luiz Felipe Santana dos Santos

- Humberto Pereira Figueira

- Gabriela Benedet Ramos

- Lucas Machado Cosendey Brouck

- Marcos Chehab Maleson

- Diogo Neves da Costa

- Mariana Magalhaes Ferreira

- Marcelo Pinheiro

- Jackson Reis Ferreira da Silva

- Laura Santini Daros

- Francis Graeff de Oliveira

- Gabriel Moherdaui Vespucci

- Robson Ribeiro Sebastião

- Valeria Kneipp Sena

- Luciano Caletti

- Vivian Kahl 

2-) BATIZAR UM GENE ÓRFÃO + ILUSTRAÇÃO

Rodolfo Henrique de Saboia

Marcos Martins Tinoco

Andre E O P Lico

Aristides de Almeida Neto

André Campos Rodovalho

Leandro Léo Rebelo

Otavio de Andrade Cardoso

Juan Pedro Alves Lopes

Matheus Hobold Sovernigo

gustavo monnerat

Luiz Fonseca

Fabio Hecht

Jean Remy Davee Guimaraes

Ricardo Entz

Thiago de Castro Fialho

Thum Thompson

Thiago Estevam Parente

Orlando Hill

André Henares Campos Silva

Carolina Lage Goulart

Richard Hemmi Valente

Wendy Sauerbronn de Campos Valente

Samuel Gales Guimarães

Érico Gaiger Marshall

ana paula b. moreira

Eduardo Lam

Eduardo Sampaio

Janaína Barcelos Resende

Felipe Antunes do Nascimento e Silva

FLÁVIA RACHEL MOREIRA LAMARÃO

Kleber Lira de Carvalho

Alexandre de Mesquita Hartke

Lucas André de Abreu

Josafa Diniz Araujo Filho

Fabiano Marques

André Luiz Vasconcellos de Araújo

Victor Hugo Barboza

Elis Amaral Rosa

Gabriela Pacheco Corrêa

Márcio Pires Antonio

Diego Borin Reeberg

Alessandra Lehmen

Yanna Christina Koloniaris Barbosa

Mariana Martinhago Aguiar

Diego Remus

Milena Marcela Domingues Pereira

Francisco Prosdocimi

Frederico Queiroga do Amaral

Marcos César Schettini Soares

Julia Lima

Marcio Mazza

Aluisio Lucio da Rocha

Daniele Diniz Warken

Rosane Barbosa de Oliveira

Patricia Sanae Sujii

Karina Silveira

Jackson Reis Ferreira da Silva

Rafael Shoiti Ozaki

Rafael Mesquita Lacerda Madureira

Sabrina da Silva Santos

Magno Botelho Castelo Branco

Karina Silveira

Diego Borin Reeberg

Rodrigo de Oliveira Martins

Tiago Oliboni Rinaldi

Roberto Heidi Utima

Andrea Fiat Coutinho

Manoela Gomes Baptista

MARCOS KIMURA

Marcio Rodrigues Miranda

Mariana Souza da Silveira

Ricardo Alchini

André Rodrigues da Silva

eliane de souza figueiredo

Kelly Ribas Lobato

Anne Caroline Reis Leite

Gabriela Decker  Sardinha

Marcus Marcello Porto Leopoldino

Leonardo Eloi

Eduardo Elael

Rodrigo Augusto da Silva

Rafael de Freitas Sampaio

guacyra do carmo pereira

Henrique Bittancourt Gouveia

Glauber Dutra Ramos

Denis Deratani Maua

Vitor Rocha Schietti Cruz

Rafael Mariante Meyer

Emilio Lanna

Olavo Bohrer Amaral

Débora Lanznaster

MARIANA WAGNER DA ROCHA

Raquel Stoltz Back

Radical Livre

Fernando Ariel Genta

Fabricio Docema de Oliveira

Luiza Amalia do Livramento Meireles

ADRIANO MONTEIRO DE CASTRO

3-) BATIZAR UMA ENZIMA CATALÍTICA + ILISTRAÇÃO

João Batista de Mello

Marcelo Simões Rezende

Emanuel Barbosa de Castro e Moura

Luiz Fernando Nicolai Weinmann

Leila Costa Vecchio

Gracielle Vendruscolo Braga

THIAGO CRUZ NEGREIROS

Rafael Trevisan

Daniel Adesse Pedra Martins

Rafael Dourado

Daniela Stramandinoli Matheus Peres

Francisney Pinto do Nascimento

Caio Bustani Andrade

Diego Pinheiro Sergio

Marília Lima Lodetti

PEDRO CAMILO MAISTRO

David Majerowicz

Mauricio Homem de Mello

Fernando Denardi Cibulski

Márcia Miyuki Hoshina

Jonatha Chrys Ballet das Neves

André Luiz Alves de Sá

Henrique Cesar Lemos Jucá

Eleonora Kurtenbach

Heloísa Anachoreta Molleri

Sergio Luis Silva Silvestre

Tiago Cruz Alexandre

Renato Pinheiro Freme Lopes Lucindo

Giovana Girardi

Anna Beatriz Robottom Ferreira

Anna Lucia Ferreira Schubert

Christian Robottom Reis

Gustavo Seichi Inouye Shintate

Claudia Augusta de Moraes Russo

Cynthia Chester Cardoso

Debora Theodoro Amancio da Silav

Flávia A. Ventura

Jeamylle Nilin

Bianca Lucchesi Targhetta

Silvio Kozasa

Rogerio magalhaes pastore

Julia Crespo Viegas

Gabriel Correa Pereira

Carlos Eduardo Lessa Pissuto

Daniela Stramandinoli Matheus Peres

Daniela Stramandinoli Matheus Peres

Thiago Augusto Pimenta Viana

Diego Perin Adorna

Maria Gonzalez Rey

PAULO BANDEIRA

Marcos Eugênio Maes

Marcela Bergo Davanso

IGOR RECHETNICOW

Diogo Biazus

4-) BATIZAR UMA VIA METABÓLICA + ILUSTRAÇÃO. Vocês podem escolher o nome da Via Metabólica completa e mais uns 10 nomes de enzimas específicas!! (OBS: vocês já podem ir pensando os nomes, mas esperem o meu e-mail com a especificação da via metabólica selecionada para cada um!!)

Adalberto R. Vieyra

TOMIO MAKIHARA

Alexandre Fernandes e Souza

Felipe Guimarães Marques

Ricardo Antônio Rubens Prado Schneider

Emanuel Barbosa de Castro e Moura

Turini Alberto

Marzia Terrizzano / IKZUS RICERCHE MARE E AMBIENTE

Red Bull Amaphiko

Gustavo do Amaral Martins

Letrinhas em movimento: como anda o sequenciamento do genoma do mexilhão dourado?

O mexilhão dourado está na Alemanha!

Não, não se assuste! Isso não significa dizer que ele invadiu águas europeias!

Ufa!

O que eu quis dizer é que o projeto do sequenciamento do genoma do mexilhão dourado começou uma colaboração com um instituto de pesquisa alemão, e por isso as letrinhas A, C, T, G do genoma do mexilhão dourado andam passeando pelo hard drive e pela memória ram de super computadores alemães...

Eu, Marcela, estou fazendo um ano de doutorado sanduíche, com bolsa da CAPES, em um instituto de pesquisa em Berlim chamado Leibniz Institute for Zoo and Wild Life Research (IZW), e continuo a montagem do genoma do mexilhão dourado dentro de um núcleo de bioinformática conhecido como Berlin Center for Genomics in Biodiversity Research (BeGenDiv). Essa sou eu por aqui: http://goo.gl/WAqdei 

O IZW e o BeGenDiv produzem ciência voltada para o estudo do comportamento e da genética animal, com fins de preservação da vida selvagem, e das espécies ameaçadas de extinção. E também, como no caso do mexilhão dourado, estudam a genética de espécies que ameaçam a diversidade e a vida selvagem!

Aqui na Alemanha eu sou orientada pela Dr. Camila Mazzoni, que está trazendo sua expertise em anotação de genes para o projeto do genoma do mexilhão dourado.

Mas o que significa anotação de genes?

O sequenciamento e a montagem de um genoma envolvem várias etapas. É preciso:

1-) Coletar o animal e extrair o seu DNA - já fizemos essa parte no Brasil!

2-) Depois, precisamos inserir esse DNA numa máquina de sequenciamento de letrinhas. Para que as letrinhas do genoma sejam geradas pela máquina, é preciso comprar reagentes químicos um tanto caros, e foi aqui que investimos uma parte do nosso dinheiro de financiamento, que inclui o nosso crowdfunding! Gastamos em torno de R$ 42.600,00 para gerar as sequências genéticas do mexilhão (as letrinhas!) em dois diferentes centros de sequenciamento: um deles na UNESP de Jaboticabal, e o outro na Itália na cidade de Perugia, no chamado Polo d'Innovazione di Genomica, Genetica e Biologia (Polo GGB)*. 

Letrinhas caras essas, né? Mas o que a gente faz com elas agora?

3-) É preciso montar o genoma. O genoma do mexilhão dourado é formado por mais ou menos 800 milhões de letrinhas A,C,T,G seguidas. Mas quando elas são geradas pela máquina de sequênciamento, essas letrinhas não saem de lá compriiiiiiiiidas já formando longos fragmentos até chegar aos 800 milhões necessários. Na verdade, as chamadas reads (ou sequências) que são geradas pelo sequenciador são bem curtas: cada read é composta de mais ou menos 100 letras A,C,T,G! Várias e várias dessas reads são geradas pelo sequenciador de genomas. Então você imagina: é preciso pegar todas as sequências de 100 letrinhas e dar sentido à elas, até que elas formem a ordem correta das 800 milhões que compõe o genoma completo do mexilhão! É como um quebra cabeça com muitas peças embaralhadas! E para resolver esse quebra cabeça é preciso usar diferentes programas computacionais. Trabalho puxado que estou desenvolvendo nesse momento!!!

Quando já tivermos as letrinhas na sequência correta formando o genoma então,

4-) Precisaremos anotar os genes dentro desse genoma! Nem todas as letrinhas codificam os blocos da vida que geram os nossos tecidos e órgãos: as letrinhas que fazem isso são chamadas genes, e é preciso identificá-las no meio das outras sequências que têm outros papéis na geração da vida. Muitas dessas outras sequências são como guardas de trânsito; controlando a expressão dos genes na célula.

Esse trabalho de diferenciação entre genes e guardas de trânsito já está sendo iniciado - a medida que vamos gerando os primeiros grandes blocos de letrinhas em sequência correta através da montagem do genoma - e vai continuar pelos próximos dois anos, até que o projeto esteja em sua fase final, no início de 2017.

São esses genes que serão nomeados a partir dos nosso queridos colaboradores! Quando a hora de nomear genes chegar, e ela há de chegar, todos os colaboradores receberão um e-mail e precisarão escolher o nome dos seus genes! Que sejam generosos e deem nomes legais! Porque já bastam os nomes reais dos genes que indicam as funções bioquímicas deles! Por exemplo: o gene da glucose-6-fosfato-desidrogenase... an?? Fala sério! Que nomão!! Tomara que no genoma do mexilhão dourado ela chame-se John glucose-6-fosfato-desidrogenase ou Mary glucose-6-fosfato-desidrogese... Melhor, hein?

Acho que por hoje vou ficando por aqui. Em Berlim: eu, meu computador, as letrinhas... e o mexilhão! 

Quem estiver interessado em uma ciência mais hardcore pode dar uma olhada no último capítulo de livro que escrevemos sobre a relação da genética com a capacidade invasiva do mexilhão dourado. O capítulo está dentro deste livro: http://www.springer.com/gp/book/9783319134932 

*Quem quiser mais detalhes sobre os pagamentos, recibos e coisa e tal, pode escrever pra mim: marcela.uliano@gmail.com