Finalmente: um gene para chamar de seu! Batismos no genoma do mexilhão dourado!

Olá pessoal!!

Chegou o grande dia!! Vamos nomear os genes do genoma nuclear do mexilhão dourado!! Essas são as nossas recompensas da campanha do catarse www.catarse.me/genoma

A montagem do genoma do mexilhão dourado está pronta! Isso significa que nesse momento já conhecemos a sequência de 1,6 bilhão de letras A,C,T e G que codificam todos os genes que dão origem às linhagens celulares, tecidos e órgãos da espécie! Com isso, já podemos iniciar os estudos de engenharia genética; na tentativa de atingir alguns alvos moleculares específicos para conter a reprodução da espécie em áreas de invasão! A ideia é a mesma desenvolvida para o mosquito da dengue transgênico. Antes de qualquer tecnologia ser utilizada no ambiente, no entanto, extensivos testes em laboratório serão realizados para garantir a segurança da tecnologia. Esse trabalho leva meses e anos para acontecer, mas você vai ouvir sobre todas as etapas que estiverem acontecendo: vamos manter você informado!

A finalização da primeira etapa desse projeto – o sequenciamento completo do genoma do mexilhão dourado L. fortunei – é uma grande vitória que precisa ser comemorada: e vocês, crowd do Catarse, fazem parte disso!! MUITO OBRIGADA!

Eu, Marcela Uliano da Silva, fui a bioinformata responsável por organizar os pequenos fragmentos de DNA até a ordem correta correspondente ao genoma do mexilhão dourado. Já escrevi um pouco sobre como isso é feito aqui. Esse trabalho, que foi feito sob orientação do Prof. Dr. Mauro Rebelo e co-orientação do Prof. Francisco Prosdocimi, foi objeto da minha tese de doutorado, defendida no dia 22 de fevereiro de 2017! E por isso também preciso agradecer ao patrocínio de todos vocês: não só estamos trabalhando para livrar a Amazônia da ameaça do mexilhão dourado, mas também esse trabalho me garantiu o título de doutora! GRATIDÃO! MUITO OBRIGADA MAIS UMA VEZ!

Nesse momento, estou terminando de escrever o manuscrito científico - contendo a sequência do genoma nuclear do mexilhão dourado - que vai ser liberado para a comunidade científica internacional, e é nesse manuscrito que desejo agradecer a vocês, colocando os batismos dos genes que vocês escolherem! 



Nessa primeira foto vocês podem ver o Prof. Chico Prosdocimi, eu e o Prof. Mauro Rebelo em 2013, quando defendi meu mestrado e, quando decidimos sequenciar e montar o genoma completo do mexilhão dourado! - Foto no Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, UFRJ.

4 anos depois.... Olha a gente de novo!! =) Deva vez na defesa do doutorado! 

O genoma do mexilhão dourado está pronto! E agora iremos batizar as proteínas 

com os nomes que vocês, colaboradores do nosso projeto no Catarse, 

escolherem para elas!! - Instituto de Biofísica Carlos Chagas Filho, UFRJ. 

O esquema é o seguinte: TODOS OS COLABORADORES LISTADOS ABAIXO DEVEM ENVIAR OS SEUS BATISMOS PARA O E-MAIL: marcela.uliano@gmail.com

Você pode escolher qualquer nome! Se tiver dúvida, dá uma olha aqui e veja o nome que algumas pessoas já escolheram para batizar os genes no genoma mitocondrial do mexilhão dourado!

Os doadores que tiverem direito a uma ou mais ilustrações irão receber um e-mail meu com a ilustração personalizada! Mas todos os batismos estarão registrados nos agradecimentos do manuscrito científico, e cada um de vocês vai receber uma cópia desse manuscrito assim que ele estiver publicado!

Muito obrigada mais uma vez! E logo estaremos nos falando de novo! Você está fazendo a ciência brasileira caminhar: SINTA-SE ORGULHOSO!

Atenção, abaixo está a lista de todos os nossos colaboradores não-anônimos, e a recompensa à qual cada um tem direito! Vamos batizar os genes e proteínas até terça que vem, dia 28 de março?? Espero o e-mail de vocês!!!

1-) BATIZAR UMA PROTEÍNA:

- Rafael Tuma Guariento

- Karina Silveira

- Daniel Andrade Moreira

- FFeitosa

- Camila Mauro Borges

- Julia Back Comandolli

- Ingrid Etges Zandomeneco

- Lucas Rech de Oliveira

- Juliana Klein Zucco

- Vinicius Fernandes dos Santos

- Uilian Americo

- Helder da Rocha

- Heitor Dias Murbach

- Rodrigo Ligabue Braun

- Juliana Casagrande Fernandes

- Maysa Ito

- Caio Wagner Pereira Ferreira

- Cássio Batista Marcon

- Marcelo Pinheiro

- Jessica de Aguiar França

- Daniele Botaro

- William Jefferson Fontana da Costa

- Guilherme Machado Nunes

- Samuel Wanberg Lourenço Nery

- Rafael Oliveira Lopes

- Débora Andrade de Lima

- Renata Minerbo

- Vinicius Bassaneze

- Terravixta Studio

- Juliano Bortolozzo Solanho

- Mariano Rodrigues Aloi

- Guilherme de Andrade Palma

- Aurélio Carlos Marques de Moura

- Danilo Neves da Silva

- Vinícius de Medeiros Alves

- Marco Aurélio Ramos Möller

- Igor Drumond

- Eduardo Kawamoto Amaraes

- Pedro Hutsch Balboni

- Marcelo Vargas dos Santos

- Rodrigo Zanatta

- Júlia Andressa Kist

- Caroline Antonelli Santesso

- Andrea Raymundo Balle

- Julia Freitas

- Rafael Chaves

- Ricardo de Souza dos Reis

- Bruno Bottino Ferreira

- Sabrina Alves

- Adriana de Lima Barbosa

- Tiago Fassoni Alves dos Alencar Leite

- Marianne Kreusch

- Rafael dos Santos

- Lucas Junior Teodoro

- Patricia Dupre Moreira Ferraz

- Ana Carolina Pizzochero da Costa

- Jaqueline Dupre Moreira Ferraz

- Ayla Sant'Ana da Silva

- Felipe Caruso

- Larissa Mattos Feijó

- Cássia Rodrigues da Silveira

- Juliano de Miranda

- Leticia Aparecida Z Costa

- Davi Perin Adorna

- André Gomes Julião

- Luiz Sauerbronn

- Iensen Nícolas

- Gustavo Gottschald de Freitas

- João Gabriel Doria

- Guilherme Lopasso Tosi

- Cecilia Fonseca Poggian

- Aline Marcele Ghilardi

- Mayra Silva Soares

- Tatiana Alves Americo

- Tulio Baars Meira

- Luiz Felipe Santana dos Santos

- Humberto Pereira Figueira

- Gabriela Benedet Ramos

- Lucas Machado Cosendey Brouck

- Marcos Chehab Maleson

- Diogo Neves da Costa

- Mariana Magalhaes Ferreira

- Marcelo Pinheiro

- Jackson Reis Ferreira da Silva

- Laura Santini Daros

- Francis Graeff de Oliveira

- Gabriel Moherdaui Vespucci

- Robson Ribeiro Sebastião

- Valeria Kneipp Sena

- Luciano Caletti

- Vivian Kahl 

2-) BATIZAR UM GENE ÓRFÃO + ILUSTRAÇÃO

Rodolfo Henrique de Saboia

Marcos Martins Tinoco

Andre E O P Lico

Aristides de Almeida Neto

André Campos Rodovalho

Leandro Léo Rebelo

Otavio de Andrade Cardoso

Juan Pedro Alves Lopes

Matheus Hobold Sovernigo

gustavo monnerat

Luiz Fonseca

Fabio Hecht

Jean Remy Davee Guimaraes

Ricardo Entz

Thiago de Castro Fialho

Thum Thompson

Thiago Estevam Parente

Orlando Hill

André Henares Campos Silva

Carolina Lage Goulart

Richard Hemmi Valente

Wendy Sauerbronn de Campos Valente

Samuel Gales Guimarães

Érico Gaiger Marshall

ana paula b. moreira

Eduardo Lam

Eduardo Sampaio

Janaína Barcelos Resende

Felipe Antunes do Nascimento e Silva

FLÁVIA RACHEL MOREIRA LAMARÃO

Kleber Lira de Carvalho

Alexandre de Mesquita Hartke

Lucas André de Abreu

Josafa Diniz Araujo Filho

Fabiano Marques

André Luiz Vasconcellos de Araújo

Victor Hugo Barboza

Elis Amaral Rosa

Gabriela Pacheco Corrêa

Márcio Pires Antonio

Diego Borin Reeberg

Alessandra Lehmen

Yanna Christina Koloniaris Barbosa

Mariana Martinhago Aguiar

Diego Remus

Milena Marcela Domingues Pereira

Francisco Prosdocimi

Frederico Queiroga do Amaral

Marcos César Schettini Soares

Julia Lima

Marcio Mazza

Aluisio Lucio da Rocha

Daniele Diniz Warken

Rosane Barbosa de Oliveira

Patricia Sanae Sujii

Karina Silveira

Jackson Reis Ferreira da Silva

Rafael Shoiti Ozaki

Rafael Mesquita Lacerda Madureira

Sabrina da Silva Santos

Magno Botelho Castelo Branco

Karina Silveira

Diego Borin Reeberg

Rodrigo de Oliveira Martins

Tiago Oliboni Rinaldi

Roberto Heidi Utima

Andrea Fiat Coutinho

Manoela Gomes Baptista

MARCOS KIMURA

Marcio Rodrigues Miranda

Mariana Souza da Silveira

Ricardo Alchini

André Rodrigues da Silva

eliane de souza figueiredo

Kelly Ribas Lobato

Anne Caroline Reis Leite

Gabriela Decker  Sardinha

Marcus Marcello Porto Leopoldino

Leonardo Eloi

Eduardo Elael

Rodrigo Augusto da Silva

Rafael de Freitas Sampaio

guacyra do carmo pereira

Henrique Bittancourt Gouveia

Glauber Dutra Ramos

Denis Deratani Maua

Vitor Rocha Schietti Cruz

Rafael Mariante Meyer

Emilio Lanna

Olavo Bohrer Amaral

Débora Lanznaster

MARIANA WAGNER DA ROCHA

Raquel Stoltz Back

Radical Livre

Fernando Ariel Genta

Fabricio Docema de Oliveira

Luiza Amalia do Livramento Meireles

ADRIANO MONTEIRO DE CASTRO

3-) BATIZAR UMA ENZIMA CATALÍTICA + ILISTRAÇÃO

João Batista de Mello

Marcelo Simões Rezende

Emanuel Barbosa de Castro e Moura

Luiz Fernando Nicolai Weinmann

Leila Costa Vecchio

Gracielle Vendruscolo Braga

THIAGO CRUZ NEGREIROS

Rafael Trevisan

Daniel Adesse Pedra Martins

Rafael Dourado

Daniela Stramandinoli Matheus Peres

Francisney Pinto do Nascimento

Caio Bustani Andrade

Diego Pinheiro Sergio

Marília Lima Lodetti

PEDRO CAMILO MAISTRO

David Majerowicz

Mauricio Homem de Mello

Fernando Denardi Cibulski

Márcia Miyuki Hoshina

Jonatha Chrys Ballet das Neves

André Luiz Alves de Sá

Henrique Cesar Lemos Jucá

Eleonora Kurtenbach

Heloísa Anachoreta Molleri

Sergio Luis Silva Silvestre

Tiago Cruz Alexandre

Renato Pinheiro Freme Lopes Lucindo

Giovana Girardi

Anna Beatriz Robottom Ferreira

Anna Lucia Ferreira Schubert

Christian Robottom Reis

Gustavo Seichi Inouye Shintate

Claudia Augusta de Moraes Russo

Cynthia Chester Cardoso

Debora Theodoro Amancio da Silav

Flávia A. Ventura

Jeamylle Nilin

Bianca Lucchesi Targhetta

Silvio Kozasa

Rogerio magalhaes pastore

Julia Crespo Viegas

Gabriel Correa Pereira

Carlos Eduardo Lessa Pissuto

Daniela Stramandinoli Matheus Peres

Daniela Stramandinoli Matheus Peres

Thiago Augusto Pimenta Viana

Diego Perin Adorna

Maria Gonzalez Rey

PAULO BANDEIRA

Marcos Eugênio Maes

Marcela Bergo Davanso

IGOR RECHETNICOW

Diogo Biazus

4-) BATIZAR UMA VIA METABÓLICA + ILUSTRAÇÃO. Vocês podem escolher o nome da Via Metabólica completa e mais uns 10 nomes de enzimas específicas!! (OBS: vocês já podem ir pensando os nomes, mas esperem o meu e-mail com a especificação da via metabólica selecionada para cada um!!)

Adalberto R. Vieyra

TOMIO MAKIHARA

Alexandre Fernandes e Souza

Felipe Guimarães Marques

Ricardo Antônio Rubens Prado Schneider

Emanuel Barbosa de Castro e Moura

Turini Alberto

Marzia Terrizzano / IKZUS RICERCHE MARE E AMBIENTE

Red Bull Amaphiko

Gustavo do Amaral Martins

E depois do fim do Crowdfunding...

Desde o final bem sucedido do Crowdfunding para sequenciar o genoma do mexilhão dourado, a blogueira não teve tempo de parar aqui e escrever alguma coisa.

Além do dinheiro arrecadado que vai nos ajudar muito a concluir esse projeto, esta iniciativa nos trouxe muitas outras inestimáveis alegrias.

O professor Mauro escreveu um texto muito bom sobre tudo isso no blog dele, e recomendo a leitura. Pois muito do que eu gostaria de escrever aqui, já foi impresso nas palavras dele. É este aqui: http://scienceblogs.com.br/vqeb/2013/06/ativismo-cientifico/

Para mim _ que idealizei criar este blog a fim de dividir com todo mundo a felicidade que sinto por viver nesse mundo científico, tentando explicar de uma forma simples alguns tópicos científicos bastante relevantes do nosso tempo _ a felicidade extrema de saber que hoje em dia muitos brasileiros entendem meu projeto de doutorado, consideram a importância e o apoiam é algo realmente encantador! Não tenho como não ficar emocionada!

Em meio aos protestos e manifestações que estão rolando pelo Brasil, gostaria de fazer minhas às palavras do professor Mauro, " ...em tempos de protesto daqui e de lá. Eu, que não sei de que sair na rua vai adiantar, encontrei a minha maneiro de mostrar, que tem outro jeito de fazer a coisa mudar...".

Nos próximos meses além de posts emocionados, você vai poder ler sobre o andamento científico do projeto. Fique atento! Continuo contando com o seu entusiamo para juntá-lo com o meu e, então, concluir esse projeto com êxito!

Obrigada mais uma vez, Crowd!

Para entender o projeto: www.catarse.me/genoma

Foto tirada no dia da minha defesa de mestrado, quando sequenciei e montei a primeira parte do genoma do mexilhão dourado: os seus genes expressos, chamado de transcriptoma. Meu co-orientador, prof Chico Prós na minha direita, e o orientador Mauro Rebelo na esquerda. Time de primeira!

Qualquer semelhança não é mera coincidência!

Pessoal, hoje venho apresentar pra vocês, pessoalmente e em forma de cartoon, um projeto que tem trazido grandes alegrias para o nosso Laboratório de Biologia Molecular Ambiental, aqui na UFRJ! É o meu projeto de doutorado, o sequenciamento do genoma do mexilhão dourado, que está no site Catarse para um financiamento colaborativo!

Dê uma olhada no vídeo do site! Só leva 4 minutinhos! http://catarse.me/pt/genoma

A ideia deste Crowdfunding (que significa 'financiamento colaborativo') surgiu há mais ou menos 4 meses: no nosso lab sempre discutimos formas de popularizar a ciência! Formas de mostra a você, que não é cientista, o quanto nossos estudos são legais e IMPORTANTES!

É corriqueiro observar o paradoxo da sociedade atual: todos os aparelhos e  objetos que você usa diariamente (seu celular, pílula anticoncepcional, carro, chuveiro elétrico, computadores, Ipads, Itudo, embalagens ecologicamente corretas..) são produtos científicos!! Mas, ao mesmo tempo, passamos a vida achando que o cientista é aquele que fica lááá na Universidade longe da gente...

Foi para explicar o que fazemos e permitir a você fazer ciência conosco que lançamos esse Crowdfunding!! Se você fizer uma doação em dinheiro para esse projeto a partir de R$20, vai estar participando DIRETAMENTE dos estudos do combate a invasão do mexilhão dourado, que está beirando águas amazônicas (acesse o site para detalhes http://catarse.me/pt/genoma!! E pode escrever pra mim se tiver alguma dúvida! marcela.uliano@biof.ufrj.br). 

Sinceramente, a oportunidade de participar de um Crowdfunding científico é quase como votar: você PODE escolher participar ativamente desta nossa proposta a favor da biodiversidade amazônica!

MUITAS pessoas já se envolveram nesse projeto e estão colaborando conosco! Nos últimos dias alguns cientistas da computação se voluntariaram para nos ajudar com os desafios computacionais que vamos enfrentar quando estivermos montando o genoma... isso não é demais?? Você também não quer fazer parte deste estudo conosco?? Contribua no site!!

Se você já leu argumentos suficientes para colaborar conosco, você pode parar de ler esse post agora e entrar no site para se cadastrar! Mas eu queria, para finalizar, responder uma última questão que surge recorrentemente entre os colaboradores, e que pode ser também a sua!

SE ESSE PROJETO É TÃO IMPORTANTE, POR QUE O GOVERNO FEDERAL NÃO FINANCIA?

Resposta: Ele faz isso!!! Por exemplo, durante meu mestrado, fomos contemplados com o edital Universal do CNPq para sequenciar o transcriptoma do mexilhão dourado! A grande questão é que sequenciar um genoma inteiro custa muito dinheiro! Alééém disso, como pensamos que a preservação da biodiversidade amazônica é de interesse de todos os brasileiros (e seres humanos do mundo todo!), pensamos que você também deveria ter a oportunidade de participar ativamente deste trabalho!!

Quando qualquer outra dúvida surgir, escreva pra gente! Estaremos empolgados e felizes esperando para te responder!! E não esqueça de divulgar o projeto no seu facebook e por e-mail para seus amigos! Os cientistas do Lab BioMA, e a biodiversidade aquática brasileira, agradecem! ;-) 

Sopa de letrinhas: genomas

Falar um pouco sobre biologia molecular e genomas era algo que estava querendo fazer já há algum tempo. Porque sempre fico imaginando o que pessoas com ocupações diversas, que não a de cientista biomolecular (como talvez você leitor), que tem seus muitos afazeres diários e pouco tempo livre pra divagar, pensa sobre essa coisa toda de genômica.

Há pouco mais de 10 anos, quando os cientistas divulgaram o mapeamento completo do genoma humano, uma grande expectativa se formou. Esparava-se que a partir de então, fossemos nos tornar capazes de curar qualquer doença de origem genética, e que era somente uma questão de tempo até que mapeássemos nossa origem e entendêssemos completamente nossa história evolutiva.  

Bem, 10 anos depois, ainda não fomos capazes de alcançar todos esses feitos. Mas estamos progredindo! Continuamos tentando dar ordem a todo esse quebra-cabeças gigante que é o estudo dos genomas, e ao mesmo tempo em que a cada dia conseguimos juntar e dar sentido às algumas peças do canto, há ainda muita peça pra se pôr no lugar.

Meu projeto de mestrado, que estou desenvolvendo nesse exato momento, também é uma tentativa de dar melhor ordem à esse quebra-cabeça. Estou montando o transcriptoma (que representa um bom pedaço do genoma, porém é um pouco menos complexo) de dois invertebrados aquáticos. Mas pra que precisamos saber do genoma de invertebrados?

Apesar de para mim, o "saber por saber" e o "entender por paixão", já serem motivos fascinantes o suficiente, talvez pra você isso não baste. A grande questão é que eu posso ter vários outros motivos (e realmente os tenho e quem sabe eles se tornarão tema de um post desse blog no futuro?), mas há uma razão grandemente inspiradora: o conhecimento do genoma de organismos menos complexos (mas nem por isso pouco complexos) com certeza nos ajuda a montar e entender nossa própria história evolutiva!

Quando os cientistas terminaram seu trabalho com o genoma humano, eles perceberam que seria necessário muito mais do que pôr em sequencia aquelas quatro letrinhas A,C,T e G. Havia ali vários padrões desconhecidos, e sem os quais não conseguiríamos chegar a conclusões muito específicas sobre nossa biologia. E foi por isso que começamos a olhar mais de perto para a genética de organismos mais simples, como o de bactérias e leveduras (que tem sido modelos clássicos de estudo da biologia por décadas!). Talvez estes possuíssem também padrões mais simples em meio a toda aquela aleatoriedade de letrinhas, e nos dariam dicas sobre nossos próprios padrões. E isso se mostrou certo!

Atualmente, os sequenciadores de nova geração baratearam muito a prática do sequencimento de genomas. Desta forma, hoje em dia é possível sequenciar também o genoma de organismos que não são famosos modelos de estudo, como os meus invertebrados aquáticos, mas que são tão interessantes quanto! É importante entender que quanto mais genomas sequenciados e estudados de espécies que estão entre as bactérias e o homem na linhagem evolutiva, mais fácil se tornará entendermos nossa estrutura molecular e o quanto ela interfere em quem realmente somos. É como num desenho de um rosto que se faz em etapas: se você simplesmente desenhar um circulo, poderá concluir que aquele desenho é muita coisa. Um sol, uma bola de futebol. Mas se, aos poucos, você incluir círculos menores formando os olhos, um rabisco no centro, indicando o nariz e incluir por fim uma linha arredondada formando um sorriso, você estará cada dia mais próximo de entender que aquele é realmente o desenho de um rosto.

Não sabemos ainda o que podemos encontra no próximo monte de letrinhas que extraírmos de uma dessas maravilhosas máquinas de sequenciar, mas posso garantir pra você que estou doida para dar uma olhada.